合同规定未干满三个月要扣违约金是不合法的。根据《劳动法》，雇主不能随意扣除员工的工资。您有权向劳动仲裁机构提出申诉，要求返还被扣除的工资，保护自己的合法权益。
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针对派遣工合同中的违约金问题，您可以首先尝试与派遣公司沟通协商，要求返还被扣除的工资。如果协商无果，您可以向当地的劳动仲裁院申请仲裁，提供相关证据，如合同、工资单等，以维护自己的权益。
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根据您的情况，合同规定未干满三个月扣除违约金的条款是不合理的。您应该：首先，尝试与派遣公司进行协商；其次，如果协商无果，可以向劳动仲裁院申请仲裁，提交相关证据；最后，如果派遣公司仍不遵守仲裁结果，您可以考虑向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。