针对员工拒绝办理离职手续的情况，公司可以根据内部规章制度进行处理。依据《中华人民共和国劳动法》，员工无故旷工，公司有权解除劳动合同。为确保团队效率及公司权益，务必及时与员工沟通并保留相关证据，提醒其按流程办理离职。
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员工未按照公司规定办理离职手续而擅自缺勤，公司可以依法解除劳动合同，前提是要确保解除合同的流程合法合规，以避免潜在的法律风险。同时，公司也可以选择要求员工补办离职手续，并在过程中明确告知时间限制和后果。