在职注册公司一般合法，但特定人员如公务员等除外。依据《公司法》等规定，国家公务员、法官等特定人员禁止注册公司，违反将受法律制裁。不及时处理可能导致职务丢失、罚款甚至刑事责任。
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在职注册公司需分情况。1. 非禁止人员：直接按流程注册公司，准备相关材料并提交申请。2. 公务员、法官等：不可注册，需选择其他职业发展或辞职后再进行注册。3. 不确定身份：先咨询法律专业人士，确认身份后再决定是否注册。
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在职注册公司需确认身份是否符合规定。若为非禁止人员，可正常注册；若为公务员、法官等，应选择放弃或辞职后再注册，以避免法律风险。