针对您越野摩托车有合格证但被扣的情况，您可能有权要求在一定期限内归还车辆。根据《交通事故处理程序规定》第五十八条，公安机关交通管理部门在确定检验报告、鉴定意见后五日内应通知当事人提车。因此，如果您的车辆被扣，并非因违法行驶等需长期扣留的情况，您有权在检验、鉴定程序完成后五日内要求归还车辆。但需注意，若涉及其他违法行为，归还时间可能受影响。
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若您在规定时间内未领取被扣车辆，后果如下：首先，公安机关交通管理部门会通知您三十日内领取；其次，若您逾期未领，车辆将被公告；最后，公告满三个月仍不领取的，交通管理部门将依法处理扣留的车辆。因此，建议您及时关注车辆扣留情况，避免不必要的损失。
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从法律角度，处理被扣的越野摩托车应分点进行：首先，确认车辆被扣原因，了解是否涉及违法行为；其次，根据《交通事故处理程序规定》配合相关检验、鉴定；然后，在规定时间内向公安机关交通管理部门申请提车；最后，若因故无法及时提车，应确保了解并遵守逾期未领车辆的相关规定，避免车辆被依法处理。