楼顶漏水超过质保期的且已缴纳维修基金的物业公司应该维修。房屋专有部分由业主或开发商自行维修，房屋共有部分或共用设施设备可以申请使用住宅专项公共维修基金，由建设房地产主管部门或业主大会审批使用。《住宅专项维修资金管理办法》第二十条
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1、业主与物业管理公司协商解决。《物业管理条例》中已经对业主、业主委员会及物业管理公司之间的权利和义务作出了明确规定，业主和物业管理公司可以依据有关的法律、法规以及管理规约和物业管理合同的规定，自愿平等地进行磋商，进而解决管理纠纷。2、更换物业公司。如果以上方式都不能让业主满意，则业主可以更换物业公司。
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如果涉及的是业主的公共利益，业主可以通过业主委员会与侵犯业主权益当事人（开发商、物管公司、个别大小业主、政府部门等）进行谈判，协商解决业主权益受侵害的问题。